facebook

Panel de farmacogenetica – cancer mamar (ERBB2 (HER2), PIK3CA, EGFR, TP53)

1990 Lei

Informații generale

Incidența cancerului în întreaga lume a crescut rapid din cauza îmbătrânirii populației, a poluării mediului sau a stilului de viață nesănătos. Conform GLOBOCAN, numărul cazurilor noi de cancer și al deceselor cauzate de cancer la nivel mondial a atins circa 12,7 milioane, respectiv 7,6 milioane în 2008, număr ce a crescut la aproximativ 14,1 milioane și, respectiv, 8,2 milioane în 20121.

În ciuda îmbunătățirilor remarcabile în ceea ce privește diagnosticul precoce al cancerului precum și tratamentul chirurgical al tumorii primare, boala metastatică este responsabilă pentru mai mult de 90% din decesele cauzate de cancer2.

Modificările genomice dețin un rol important în predispoziția pentru cancer, inițierea și progresia diverselor tipuri de tumori. Acestea pot fi transmise pe linie germinală sau pot să apară spontan, ca mutații somatice, în țesutul tumoral. Deoarece mutațiile germinale se regăsesc și în țesuturile normale, într-un raport alelic bine definit, detecția lor este simplă comparativ cu cea a mutațiilor somatice a căror prezență este limitată la țesuturile maligne sau premaligne, sau doar la anumite celule din cadrul țesutului afectat3.

Mutațiile ce sunt implicate cauzal în oncogeneză sunt denumite mutații “driver”; acestea conferă un avantaj de creștere clonei maligne și sunt selectate pozitiv în micromediul tumoral4. De obicei, mutațiile somatice induc carcinogeneza fie prin inactivarea unei proteine ce are rol de supresor tumoral, fie prin activarea constitutivă a unei proteine ce determină proliferarea celulară aberantă (oncoproteină). Inactivarea proteinei supresor tumoral poate fi cauzată de numeroase mutații localizate în diverse poziții la nivelul genei corespunzătoare, spre deosebire de activarea constitutivă ce este produsă în principal de un număr limitat de mutații localizate în poziții specifice. De exemplu, aproximativ 80% din mutațiile inactivatoare ce conduc la proliferări maligne afectează reziduurile 126-306 ale proteinei p53, în timp ce 80% din mutațiile activatoare se produc în poziția 600 a oncoproteinei Braf3.

Pe măsură ce crește disponibilitatea tratamentelor oncologice ce se adresează unor ținte moleculare specifice, devine din ce mai importantă identificarea și detectarea unor variante în gene de interes, cum ar fi BRAF, KRAS sau EGFR, astfel că terapia antineoplazică poate fi administrată în funcție de genotipul individual, mai degrabă decât empiric, bazată doar pe localizarea tumorii și tipul histologic. O astfel de abordare facilitează tratamentul individualizat al pacientului oncologic, având drept consecință un risc mai redus de reacții adverse, creșterea ratei de supraviețuire și îmbunătățirea calității vieții5.

În prezent, tehnicile bazate pe secvențierea de nouă generație (engl. next generation sequencing, NGS) permit analiza simultană a sute de gene de interes, folosind paneluri de secvențiere personalizate. Tehnicile ce au la bază NGS fiind cantitative, având o sensibilitate înaltă precum și o capacitate de a multiplexa probe numeroase, reprezintă un instrument ideal pentru screening-ul mutațiilor somatice în țesuturile tumorale. Astfel, pot fi detectate mutații somatice cu frecvență alelică redusă în probe de țesut tumoral inclus în parafină2. Deoarece sunt generate volume mari de date sunt necesare soft-uri specializate care să faciliteze analiza și interpretarea rezultatelor obținute3.

Conform NCCN (National Comprehensive Cancer Network) realizarea profilului molecular al tumorilor solide facilitează o mai bună clasificare a acestora, având valoare prognostică și de ghidare a terapiei6.

Panelul de farmacogenetică – cancer mamar se referă la testarea de mutații somatice în gene ce dețin un rol important în tumorigeneza și terapia personalizată țintită a a cancerului mamar: ERBB2 (HER2), PIK3CA, EGFR, TP53.

  • EGFR – mutații EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor = receptorul pentru factorul epidermal de creştere) au fost raportate într-un procent redus la pacientele care prezintă rezistență la terapia anti-HER2 standard; acestea ar putea fi țintite terapeutic cu inhibitori tirozinkinazici (lapatinib, erlotinib sau gefitinib)7.
  • ERBB – amplificarea genei ERBB2 (cunoscută și sub denumirea de HER2) apare la 15-30% dintre pacientele cu cancer de sân invaziv și conferă sensibilitate la tratamentul cu anticorpi monoclonali specifici (trastuzumab) sau la inhibitori tirozinkinazici duali (Lapatinib)8.
  • PIK3CA – mutații ale genei PIK3CA (Phosphatidylinositol-4,5-Bisphosphate 3-Kinase Catalytic Subunit Alpha) au fost raportate în 20-40% din cancerele mamare și conferă rezistență sau o sensibilitate mai scăzută la tratamentul cu trastuzumab în cazul tumorilor ERBB2 pozitive. Astfel, statusul mutațional PIK3CA poate servi drept factor de prognostic independent în selectarea terapiei pentru pacientele cu cancer mamar ERBB2 pozitiv9.
  • TP53 – mutații ale genei TP53 (gena supresor tumoral, supranumită și “gardianul genomului” cu rol critic în controlul creșterii și proliferării celulare) apar în cca 50% dintre toate cancerele solide. Valoarea prognostică a mutațiilor TP53 reprezintă un subiect de controversă în rândul cercetătorilor și ar trebui analizată în contextul caracteristicilor tumorilor în care se produc precum și al interacțiunii cu alte aberații genomice. De asemenea, s-a sugerat că statusul TP53 ar putea influența răspunsul la tratamentele oncologice prin inducerea de mutații somatice noi10.

Tehnologia NGS oferă o sensibilitate înaltă în evidențierea heterogenicității tumorale. Sunt analizate regiuni genice cunoscute a fi implicate în dezvoltarea tumorală, fiind detectate variante somatice cu frecvență alelică între 1-5%, în funcție de calitatea ADN-ului din probă.

Analiza paralelă a mai multor modificări genice permite costuri mai mici și reducerea simultană a timpului de eliberare a rezultatelor2.

Timp de execuție –  7 zile lucrătoare11.

Metodă – NGS (secvențiere de nouă generație)11.

Tipul probei analizate – țesut inclus la parafină11.

Rezultatese raportează prezența sau absența mutațiilor somatice cu semnificație biologică.

Genele sunt analizate prin NGS (platforma Illumina MiSeq) pentru toate regiunile codante, utilizand kit-ul Illumina TruSight Tumor 15 pentru “amplificarea țintită”. Secventele rezultate sunt analizate cu ajutorul soft-ului Illumina VariantStudio, iar variantele identificate sunt comparate cu secventele de referintă pentru genele incluse in panel (Human Gene Mutation Database Professional hg19).

Mutatiile sunt raportate conform ghidurilor HGVS (http://www.hgvs.org/.) în conformitate cu Genbank Accession Numbers.

Variantele patogene și cele cu semnificație necunoscută sunt verificate prin secvențiere clasică Sanger2;11.

 

Referințe

  1. Wagle N, Berger MF, Davis MJ, et al. High-throughput detection of actionable genomic alterations in clinical tumor samples by targeted, massively parallel sequencing. Cancer Discov. 2012; 2:82-93.
  2. TruSight Tumor 15 Kit Support (illumina.com/sequencing/sequencing_kits/trusight-tumor-15-kit/ downloads.html), 2016.
  3. Sutton KM, Crinnion LA, Wallace D, Harrison S, Roberts P, Watson CM, Markham AF, Bonthron DT, Quirke P, Carr IM. Detection of Somatic Mutations in Tumors Using Unaligned Clonal Sequencing Data. Lab Invest. 2014 Oct;94(10):1173-83.
  4. Stratton MR, Campbell PJ, Futreal PA. The cancer genome. Nature. 2009 Apr 9;458(7239):719-24.
  5. McClellan M, Benner J, Schilsky R et al. An accelerated pathway for targeted cancer therapies. Nat Rev Drug Discov 2011. 2011 Feb;10(2):79-80.
  6. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. Reference Type: Internet Communication. www.nccn.org/professionals/physician_gls/f_guidelines.asp#site), 2015.
  7. Ye Q, Qi F, Bian L, Zhang SH, Wang T, Jiang ZF. Circulating-free DNA Mutation Associated with Response of Targeted Therapy in Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-positive Metastatic Breast Cancer. Chin Med J (Engl). 2017 Mar 5;130(5):522-529.
  8. Dean L. Trastuzumab (Herceptin) Therapy and ERBB2 (HER2) Genotype. In: Pratt V, McLeod H, Dean L, Malheiro A, Rubinstein W, editors. Source Medical Genetics Summaries [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2012- 2015 Aug 5.
  9. Cizkova M, Susini A, Vacher S, Cizeron-Clairac G, Andrieu C, Driouch K, Fourme E, Lidereau R, Bièche I. PIK3CA mutation impact on survival in breast cancer patients and in ERα, PR and ERBB2-based subgroups. Breast Cancer Res. 2012 Feb
  10. Zhang W, Edwards A, Flemington EK, Zhang K. Significant Prognostic Features and Patterns of Somatic TP53 Mutations in Human Cancers. Cancer Inform. 2017 Feb 20;16:11769351176912.
  11. Laborator Synevo. Referinţele specifice tehnologiei de lucru utilizate 2017 . Ref Type: Catalog.
Abonează-te la Newsletter