Informații generale: Cariotip Molecular prenatal (Chromosomal Microrray Analysis)
In evolutia unei sarcini in doar 2-4% dintre cazuri sunt identificate anomalii ecografice. Pentru depistarea lor, se solicita frecvent testare genetica, prin analiza cromozomiala din lichid amniotic, obtinut prin amniocenteza sau efectuarea de cariotip molecular (microarray) din proba obtinuta prin trofocenteza.
Incepand cu anii 60’ analiza cromozomiala din lichid amniotic a reprezentat standardul de aur in diagnosticul prenatal al anomaliilor cromozomiale, acestea fiind responsabile de peste 300 de sindroame si afectiuni genetice, insa, odata cu dezvoltarea tehnicilor moleculare, numarul lor a crescut considerabil.
Astfel, analiza cromozomiala microarray devine tot mai recomandata in scop diagnostic (prenatal) in special in sarcinile cu fetusi la care s-au identificat anomalii la nivel ecografic.
In plus, incidenta aneuploidiilor fetale creste odata cu varsta materna, insa incidenta CNV-urilor (copy number variation – variatia numarului de copii genice) este independenta de varsta materna, reprezentand 0,4% din totalitatea sarcinilor si aproximativ 6% din totalul sarcinile ce au confirmat anomalii ecografice.
Cariotipul molecular prezinta un avantaj comparativ cu cariotipul constitutional deoarece:
1. poate evidentia anomalii cromozomiale neechilibrate de dimensiuni mici, sub dimensiunea la care devin vizibile in cadrul evaluarii cariotipului constitutional; Aceste anomalii submicroscopice sunt de tip microdeletii (pierderi de material genetic) sau microduplicatii (castig de material genetic).
2. poate sa indice precis o regiune afectata.
Insa, nu toate microdeletiile si microduplicatiile sunt asociate cu depistarea unui fenotip specific, unele dintre acestea neavand o semnificatie patologica.
Dimensiunea acestora nu va indica nivelul de patogenitate- de exemplu, o deletie cu extindere mare, dar intr-o regiune fara, sau cu putine gene, poate sa fie mai putin relevanta clinic, comparativ cu o deletie mica, depistata intr-o regiune genomica importanta.
Recomandari – testarea genetica Cariotip Molecular prenatal (Chromosomal Microrray Analysis)
Cariotipul molecular prenatal poate fi recomandat in urmatoarele situatii:
- Sunt identificate anomalii ecografice;
- Un rezultat ce evidentiaza un risc crescut la un test de screening prenatal;
- Parinti cunoscuti cu anomalii cromozomiale echilibrate (inversii, translocatii);
- Istoric personal sau familial de copii cu anomalii cromozomiale.
Condiții de recoltare:
Specimen recoltat: 20-30 mL lichid amniotic recoltat prin amniocenteză în condiţii sterile; se va folosi o seringă de unică folosinţă cu piston necauciucat (în momentul recoltării, primii 2 mL de lichid aspirat vor fi indepartati, pentru a se evita contaminarea probei cu celule materne).
Lichidul amniotic va fi însoțit obligatoriu de sânge matern recoltat pe EDTA (5 mL)
Recipient de recoltare – lichidul va fi transportat în seringa originală de recoltare, la temperatura ambientală; se va folosi un vacutainer cu EDTA pentru proba de sânge matern.
Stabilitate probă – maximum 48 ore din momentul recoltării probei, până la procesarea acesteia, de aceea proba trebuie să ajungă în Laboratorul Central Synevo în maxim 24 ore din momentul recoltării
Metoda – SNP microarray
- in cazurile mai rare, de descoperirea a unor modificari de tip CNV (variatie a nr de copii genice), timpul de eliberare a rezultatului va fi prelungit, fiind necesara si confirmare acestei anomalii genetice printr-un test qPCR
Cauze de respingere a probei – probe vechi; coagulate; contaminate; volum insuficient.
Testarea va fi efectuata numai dupa completarea consimtamantul informat al pacientilor.
Testarea va fi insotita de documente medicale (ex. ecografie) care confirma necesitatea si recomandarea de testare.
Serviciul include si testul de verificare contaminare proba materna.
Raportarea si interpretarea rezultatelor
Rezultatul cariotipului molecular descrie, conform ISCN (International System of Human Cytogenetic Nomenclature), modificările numerice și structurale neechilibrate identificate (pierdere sau câștig de material genetic), punctele de ruptură, dimensiunile exacte ale modificărilor.
În procesul interpretării se folosesc baze de date internaționale precum OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources), DGV (Database of Genomic Variants), UCSC Genome Browser.
Interpretarea clinică finală a rezultatului se face de către medicul specialist genetician, în funcție de fenotipul pacientului și de conținutul în gene al regiunilor cromozomiale implicate în modificările constatate.
Este furnizat un raport de diagnostic genetic molecular care va include rezultatele analizei de microarray. Rezultatele vor fi clasificate conform ghidurilor actuale (ACMG/ACGS-2020) în 5 grupe de patogenitate.
- Patogenic
- Potential patogenic
- Variant (mutație) cu semnificație necunoscută
- Potential benign
- Benign
Vor fi raportate doar modificarile care corespund primelor 2 clase.
Variante cu semnificație patogenă sau potential patogene:
- cauza genetică a simptomelor observate a fost identificată și poate ajuta la selectarea tratamentului adecvat și implicit a unui plan eficient de management al bolii.
Limitarile metodei
- Nu se identifică modificări cromozomiale echilibrate (translocații, inversii, inserții), mutații punctiforme, mozaicismul de nivel scăzut. Aceste modificări pot fi identificate prin alte teste genetice din portofoliul laboratorului Synevo România.
- Nu furnizează informații despre natura structurală a anomaliilor identificate.
- Poate detecta CNV cu semnificație neclară, care necesită testare și analize ulterioare sau CNV cu semnificație necunoscută, generând rezultate neinterpretabile în contextul informatiilor disponibile, din prezent.
Bibliografie:
- doi: 10.3389/fgene.2022.938183- Potentials and challenges of chromosomal microarray analysis in prenatal diagnosis
- doi: 10.1016/j.fertnstert.2018.01.005- Prenatal Diagnosis by Chromosomal Microarray Analysis
- doi: 10.1056/NEJMoa1203382- Chromosomal Microarray versus Karyotyping for Prenatal Diagnosis
- doi: 10.1016/j.medcle.2016.12.065- Recommendations for the use of microarrays in prenatal diagnosis
