Diagnostic molecular afectiuni gastrointestinale virale – testare sindromica

Informații generale Diagnostic molecular afectiuni gastrointestinale virale – testare sindromica

 Infecțiile gastrointestinale reprezintă un grup de afecțiuni de etiologie virală, bacteriană sau parazitară care se manifestă cel mai frecvent ca boală diareică. Se transmit preponderent pe cale fecal-orală și sunt favorizate de lipsa sanitației și de igienă personală precară, având un impact mult mai mare în țările în curs de dezvoltare. Cei mai comuni agenți etiologici ai bolii diareice raportați la nivel mondial sunt Rotavirus și Escherichia coli (E. coli), însă prevalența etiologiei diferă semnificativ în funcție de localizare, grupe de vârstă, status socio-economic, etc.^1.

Infecția gastrointestinală virală se manifestă, de obicei, ca infecție acută cu simptome precum: diaree apoasă, greață, vărsături, dureri abdominale colicative (crampe) și, ocazional, febră și afectează preponderent extremele de vârstă (sugari, bătrâni) și persoanele imunodeprimate. Diagnosticul este important deoarece simptomatologia poate avea consecințe grave pe termen scurt (depleția apei și electroliților din organism) cu evoluție potențial letală dacă nu se intervine pentru restabilirea echilibrului hidroelectrolitic. Conform Centrului de Control și Prevenție a bolilor (CDC), boala diareică este a doua cea mai comună cauză de deces la copiii sub 5 ani la nivel mondial².

Metoda real-time PCR multiplex permite identificarea materialului genetic (ARN sau ADN) a celor mai comuni patogeni implicați în patologia gastrointestinală cu o sensibilitate net superioară metodelor tradiționale și cu capacitatea de a identifica coinfecțiile sau infecțiile cu agenți patogeni dificil de diagnosticat prin alte metode.

Norovirusul, Rotavirusul, Astrovirusul, Adenovirusul și Sapovirusul sunt cele mai frecvente cauze ale gastroenteritei virale.¹

Norovirus GI/GII

Norovirusurile formeazăungrup de virusuri ARN monocatenar aparținând familiei Caliciviridaecare se transmit prin ingestie de alimente sau apă contaminate cu fecaleși prin contact direct cu persoane infectate.Gastroenterita cu norovirus se poate dezvolta la toate vârstele, în special la adulți, fiind cauzaprincipală a focarelor acute de gastroenterităîn țările industrializate.

Rotavirusul este un virus ARN dublu catenar din familia Reoviridae care se transmite prin ingestia de alimente sau apă contaminate cu fecale și prin contact direct cu persoane infectate.Gastroenterita cu rotavirus are de obicei o apariție sezonieră, în timpul iernii și afectează preponderent copiii, care pot dezvolta forme severe de diaree apoasă, asociate adeseacu vărsături, febră și dureri abdominale.

Rotavirus

Rotavirusul este un virus ARN dublu catenar din familia Reoviridae care se transmite prin ingestia de alimente sau apă contaminate cu fecale și prin contact direct cu persoane infectate.Gastroenterita cu rotavirus are de obicei o apariție sezonieră, în timpul iernii și afectează preponderent copiii,carepot dezvolta forme severe de diaree apoasă, asociate adesea cu vărsături, febră și dureri abdominale.

Adenovirus F (ADV-F; serotip 40/41)

Adenovirusul uman (HAdV) face parte din familia Adenoviridae și este un virus ADN dublu catenar liniar. Adenovirusurile umane sunt clasificate în șapte subgrupe (Adenovirus A-G) din care tipurile ADV-F40 și ADV-F41 prezintă un tropism gastrointestinal pronunțat provocând gastroenterită acută cu febră, diaree, vărsături și dureri abdominale. Aceste tipuri de adenovirusuri se transmit doar pe cale fecal- orală și sunt o cauză majoră de mortalitate infantilă asociată bolilor diareice.

Astrovirus

Astrovirusul este un virus ARN monocatenar din familia Astroviridae care se transmitepe cale fecal-orală, prin alimente și apă contaminate și prin contact direct cu persoane infectate.Acest virus afectează preponderent copiii mici și se manifestă ca o diaree apoasă ușoară care durează de obicei 2-3 zile șipoate provoca, în cazuri rare, deshidratare severă.

Sapovirus

Sapovirusurile sunt virusuri ARN monocatenare din familia Caliciviridaeși sunt clasificateîn cinci genotipuri (I, II, III, IV și V) din care I, II, IV și V sunt capabile să infecteze omul. Aceste virusuri se transmit pe cale fecal-orală șireprezintă a doua cea mai răspândita cauză a gastroenteritei virale la copii, dupa Norovirus.

Recomandări de testare Diagnostic molecular afectiuni gastrointestinale virale – testare sindromica

• boală diareică acută cu sau fără sânge în scaun, crampe și dureri abdominale, greață și vărsături, febră, etc. care nu se rezolvă cu tratament simptomatic;
• afectare gastrointestinală cronică;
• suspiciune de toxinfecție alimentară;
• persoane cu simptomatologie gastrointestinală instalată în urma spitalizării;
• pacienți cu status imun compromis (de infecție HIV) cu suspiciune de infecție cu patogeni oportuniști.

Specimen recoltat – materii fecale in recipient cu mediu de transport lichid;

Recipient de recoltare – recipient cu mediu de transport lichid (Fecal Swab),

Stabilitate probă – proba de materii fecale recoltata in mediu de transport este stabila 2 zile la 2-8oC sau 1 luna la -20oC;

Metodă: Multiplex RT-PCR.

Vor fi analizați următorii agenți patogeni:

• Norovirus GI/GII (NVG1/NVG)
• Rotavirus A (RO)
• Adenovirus F (ADV-F; serotype 40/41)
• Astrovirus (ASV)
• Sapovirus (SV)

Interpretarea rezultatelor, limite şi interferenţe:

Rezultatele testului se raportează calitativ, astfel:

• Nedetectabil
• Pozitiv cu comunicarea tipului/ tipurilor de agenți patogeni prezenți în probă.

Bibliografie

1. Diarrhoeal disease (who.int),
2. Diarrhea; common illness, global killer, Diarrhea; common illness, global killer (cdc.gov)
3. Puzari M, Sharma M, Chetia P. Emergence of antibiotic resistant Shigella species: A matter of concern. Journal of infection and public health. 2018;11(4):451-454
4. Kaakoush NO, Castaño-Rodríguez N, Mitchell HM, Man SM. Global epidemiology of Campylobacter infection. Clinical microbiology reviews. 2015;28(3):687-720
5. Wielkoszynski T, Moghaddam A, Bäckman A, et al. Novel diagnostic ELISA test for discrimination between infections with Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2018;37(12):2301-2306
6. Learoyd TP, Gaut Cholera: under diagnosis and differentiation from other diarrhoeal diseases. Journal of Travel Medicine. 2018;25(suppl_1):S46-S51
7. Leffler DA, Lamont JT. Clostridium difficile infection. New England Journal of Medicine. 2015;372(16):1539-1548
8. van Zwetselaar M, Nyombi B, Sonda T, et al. Aeromonas caviae mimicking Vibrio cholerae infectious enteropathy in a cholera-endemic region with possible public health consequences: two case reports. Journal of medical case reports. 2018;12(1):71-71
9. Gayet R, Bioley G, Rochereau N, Paul S, Corthésy B. Vaccination against Salmonella infection: the mucosal way. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2017;81(3):e00007-00017
10. .Beatty JK, Akierman SV, Motta JP, et al. Giardia duodenalis induces pathogenic dysbiosis of human intestinal microbiota biofilms. International journal for parasitology. 2017;47(6):311-326