Mutatii in gena UBA1

Informatii generale: Mutatii in gena UBA1

Pregătire pacient

nu este necesară o pregatire specială

Specimen recoltat – sânge venos

Recipient de recoltare – vacutainer ce conţine EDTA ca anticoagulant

Cauze de respingere a probei – folosirea heparinei ca anticoagulant; probe coagulate sau hemolizate

Stabilitate probă – 7 zile la 2-8^oC

Metodă – secvenţierea tuturor exonilor genei UBA1 prin tehnica NGS, fiind posibilă detecția variantelor nucleotidice cu dimensiunea de cel mult 21pb. Metodologia permite detecţia variaţiilor numărului de copii ale exonilor genei UBA1.

Raportarea si interpretarea rezultatelor

In urma evaluarii si clasificarii interne, sunt raportate doar variante cu semnificatie clinica patogena, potential patogena sau incerta, respectiv clasele ACMG 5 (P-Pathogenic), 4 (LP-Likely Pathogenic) sau 3 (VUS-Variant of Uncertain/Unknown Significance).
1. Rezultat pozitiv: Sunt raportate si descrise variantele identificate din clasele de patogenitate 5 sau 4 care sunt asociate sindromului VEXAS sau AMS, XL, tip 2.

2. Rezultat negativ: Nu a fost identificata nicio varianta raportabila. In acest caz este improbabil ca tabloul clinic al pacientului sa fie asociat variatiilor germinale sau somatice ale genei UBA1.

3. Rezultat neactionabil: A fost identificata o varianta de tip VUS, aceasta insemnand ca dovezile din literatura actuala de specialitate sunt insuficiente sau contradictorii, pentru a incadra mutatia intr-o clasa de patogenitate sau benignitate. Acest tip de variante sunt neactionabile si neinformative, dar sunt raportate in vederea reevaluarii periodice a semnificatiei clinice, fiind probabila o reclasificare peste 12 luni in baza noilor contributii la literatura de specialitate.

Sunt analizate si clasificate toate variantele identificate, inclusiv cele care nu sunt prezente in bazele de date specializate.
Limitarile metodei

• Testul permite analiza doar a genei UBA1.
• Metoda aplicata nu poate evalua variantele structurale echilibrate (translocatii, inversii) la nivelul genei UBA1.
• Nu pot fi detectate variante nucleotidice cu dimensiuni cuprinse intre 21 perechi de baze si 1 exon (~150pb).
• Variantele de tip deletie/duplicatie cu dimensiuni de cel putin 1 exon necesita confirmare ulterioara ceea ce poate avea consecinta prelungirea termenlui de eliberare al rezultatului.
• Un rezultat negativ nu poate exclude cu certitudine o varianta UBA1 neidentificabila prin metodologia aplicata.