Această analiză se poate recolta doar în zilele de luni, marți și miercuri în oricare dintre centrele Synevo.
În cazul probei de lichid amniotic, este necesară aducerea acesteia în centrul Synevo în aceeași zi în care s-a efectuat recoltarea.
Informații generale WES (whole exom sequencing) – secventiere exom prenatal (MONO)
Secvențierea prenatală a întregului exom (WES) defineste un tip de testare moleculară, care include totalitatea informatiilor din zonele codante din genomul fetal, mai exact, de la nivelul exonilor continuti in materialul genetic fetal. Totalitatea exonilor din materialul genetic alcatuiesc exomul uman, aici regasindu-se cele mai frecvente si cunoscute mutatii ce pot duce la aparitia unor sindroame genetice. Desi reprezinta doar 2% din cantitatea de ADN uman, prin tehnica de secventiere a exonilor pot fi identificate pana la 85% din variantele genetice (mutatiile) responsabile de declansarea unor afectiuni genetice.
Este cunoscut faptul ca doar un procent de 2-4% dintre sarcinile evaluate imagistic pot evidentia anomalii fetale la nivel ecografic. In aceste situatii, se recomanda frecvent testarea genetica prin amniocenteza, cu efectuarea de cariotip din lichid amniotic sau trofocenteza si cariotip molecular (tehnica de testare- microarray). In urma acestor tipuri de testare, in aproximativ 16-36% din cazuri vor putea fi identificate anomalii genetice, restul cazurilor rămânând fără un diagnostic genetic de certitudine.
Studii recente au aratat ca testarea WES prenatala poate oferi un raspuns in 20-80% dintre cazurile in care cariotipul efectuat din lichid amniotic si/sau cariotipul molecular, nu au evidentiat anomalii.
Testarea WES prenatal are potentialul de a oferi un diagnostic precis, ceea ce va permite atat o consiliere genetica eficienta si un plan adecvat de gestionare a bolii, cat si posibilitatea initierii unui tratament postnatal cat mai eficient.
Recomandari – testare genetica WES (whole exom sequencing) – secventiere exom prenatal (MONO)
Secventierea prenatala a exomului poate fi luata in calcul in sarciniile in care:
- sunt identificate anomalii imagistice ecografice nespecifice
- cariotipul clasic efectuat din lichid amniotic si/ sau cariotipul molecular, nu au furnizat un diagnostic cert.
Pregatire pacient – nu este necesara.
Pentru efectuarea WES (whole exom sequencing) – secventiere exom prenatal (MONO) este necesar ca la momentul efectuării analizei, pacienta să prezinte o recomandare scrisă și parafată din partea unui medic clinician. Pacienta va beneficia de consiliere genetică post-testare pentru interpretarea rezultatelor și alcătuirea unui management personalizat în funcție de afecțiunea descoperită. Programarea pentru consilierea genetică post-testare se va efectua accesând Synevo Decoder. Mai multe detalii aici.
Specimen recoltat – lichid amniotic 12 ml la 2-8 grade Celsius si sange matern – EDTA
Recipient de recoltare – seringa pentru lichid amniotic si vacutainer ce contine EDTA pentru sange.
Cauze de respingere a probei – folosirea heparinei ca anticoagulant; probe coagulate sau hemolizate.
Stabilitate proba – 2 zile la 2-8ºC – probele de lichid amniotic se vor trimite urgent
Metoda de testare – secventiere de noua generatie (NGS)
Raportarea si interpretarea rezultatelor
Este furnizat un singur raport de diagnostic genetic molecular – pentru fat, care va include rezultatele analizei de secvențiere, in functie de tabloul clinic si istoricul familial.
Variantele (mutațiile) vor fi clasificate conform ghidurilor actuale (ACMG/ACGS-2020) în 5 grupe de patogenitate:
1. Benigna
2. Potential benigna
3. Varianta (mutație) cu semnificație clinica necunoscută (VUS)
4. Potential patogena
5. Patogena
*Vor fi raportate exclusiv modificarile care corespund ultimelor trei clase de interpretare a rezultatelor.
Un rezultat negativ nu confirmă absența unei patologii, sau faptul că aceasta nu ar avea o etiologie genetică. Astfel, poate deveni necesară extinderea investigațiilor, cu recomandarea unor explorări suplimentare, care ar putea confirma etiologia acesteia.
Variante cu semnificație patogenă sau potential patogena:
- cauza genetică a anomaliilor observate a fost identificată și poate ajuta la selectarea tratamentului adecvat și implicit a unui plan eficient de management al bolii.
Variante cu semnificație necunoscută (VUS):
- nu au existat suficiente dovezi pentru a putea clasifica varianta ca fiind patogenă sau benigna. Dacă devin disponibile informații noi, semnificația rezultatelor se poate modifica atat pentru pacient, cat și pentru membrii familiei. Se recomandă reclasificarea anuală a variantei VUS și testarea membrilor familiei.
Consilierea genetica si consimtamantul informat, trebuie sa asigure optiunea de includere sau nu a descoperirii incidentale/ secundare (secondary findings, incidental findings) sau a mutatiilor din gene care nu determina boli grave, conform recomandarilor in vigoare.
Limitarile metodei
Testarea WES nu detecteaza repetitii trinucleotidice sau regiuni repetitive, unele codificari intronice sau pe cele aparute la nivelul extremitatilor netranslatate ale genelor, unele zone promotor, regiunile enhancer, ADN-ul intergenic, modificarile genomice echilibrate (translocatii, inversii), mozaicismul, regiunile homopolimerice, indel>21pb sau alte tipuri de modificari, care nu au fost raportate inca, in literatura de specialitate.
Bibliografie:
1. https://doi.org/10.1038/s41436-019-0731-7 The use of fetal exome sequencing in prenatal diagnosis: a points to consider document of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)
2. doi: 10.3389/fgene.2023.1227724 When NIPT meets WES, prenatal diagnosticians face the dilemma: genetic etiological analysis of 2,328 cases of NT thickening and follow-up of pregnancy outcomes
3. doi: 10.3390/healthcare10122521 Application of Prenatal Whole Exome Sequencing for Structural Congenital Anomalies—Experience from a Local Prenatal Diagnostic Laboratory
4. doi: 10.1016/j.ogc.2017.10.003 Whole exome sequencing: Applications in Prenatal Genetics
5. Miller DT, Lee K, Abul-Husn NS, Amendola LM, Brothers K, Chung WK, Gollob MH, Gordon AS, Harrison SM, Hershberger RE, Klein TE, Richards CS, Stewart DR, Martin CL; ACMG Secondary Findings Working Group. Electronic address: [email protected]. ACMG SF v3.2 list for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing: A policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2023 Aug;25(8):100866. doi: 10.1016/j.gim.2023.100866. Epub 2023 Jun 22. PMID: 37347242; PMCID: PMC10524344.
37347242; PMCID: PMC10524344.
